Hợp đồng gia công là loại hình xuất nhập khẩu đặc thù, trong đó quyền sở hữu nguyên liệu thuộc về bên đặt gia công nước ngoài. Khi thực hiện báo cáo quyết toán năm tài chính, nhiều doanh nghiệp lúng túng về việc xử lý số dư thừa hoặc thiếu hụt giữa các mã đơn hàng. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết căn cứ pháp lý và điều kiện thực tế để trả lời câu hỏi về việc bù trừ nguyên phụ liệu đúng quy định hiện hành.
1. Quy định pháp lý về quản lý nguyên liệu trong hợp đồng gia công
Theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC, doanh nghiệp phải theo dõi nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo từng mã số hàng hóa. Về nguyên tắc, mỗi hợp đồng gia công là một thực thể quản lý độc lập về mặt hồ sơ hải quan. Doanh nghiệp có nghĩa vụ báo cáo chính xác định mức thực tế sử dụng cho từng sản phẩm xuất khẩu trong kỳ quyết toán.
Việc quản lý nguyên phụ liệu đòi hỏi tính đồng nhất giữa sổ sách kế toán và tờ khai hải quan. Đối với loại hình gia công, hàng hóa được miễn thuế nhập khẩu và không chịu thuế VAT với điều kiện phải sử dụng đúng mục đích sản xuất. Do đó, mọi biến động về tồn kho đều phải được giải trình dựa trên các chứng từ luân chuyển hàng hóa hợp lệ.
Các doanh nghiệp cần lưu ý rằng cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro. Việc tự ý hoán đổi hoặc bù trừ số liệu giữa các mã đơn hàng mà không có sự tương đương về bản chất hàng hóa sẽ dẫn đến rủi ro bị truy thu thuế rất cao trong quá trình hậu kiểm.
2. Có được bù trừ nguyên phụ liệu giữa các hợp đồng gia công khi quyết toán?
Câu trả lời là CÓ THỂ, nhưng doanh nghiệp chỉ được phép thực hiện bù trừ khi đáp ứng các điều kiện pháp lý nghiêm ngặt. Việc bù trừ này thường diễn ra khi doanh nghiệp ký kết nhiều phụ lục hoặc nhiều hợp đồng với cùng một đối tác đặt gia công (cùng chủ sở hữu tài sản).
Để việc bù trừ nguyên phụ liệu giữa các hợp đồng gia công được chấp nhận khi quyết toán, đơn vị phải thỏa mãn các tiêu chí:
-
Nguyên liệu, vật tư phải hoàn toàn cùng chủng loại, cùng mã hiệu kỹ thuật và quy cách.
-
Có văn bản thỏa thuận hoặc chỉ định từ phía đối tác đặt gia công về việc chuyển đổi nguồn nguyên liệu giữa các hợp đồng.
-
Phải thực hiện thủ tục chuyển tiếp nguyên liệu dư thừa theo quy định tại Điều 60 Thông tư 38/2015/TT-BTC.
Ví dụ thực tế về các loại hàng hóa thường phát sinh nhu cầu bù trừ hợp lệ bao gồm: vải khổ tiêu chuẩn trong may mặc, linh kiện điện tử thụ động (điện trở, tụ điện), hoặc các loại phụ liệu đóng gói như thùng carton và nhãn mác. Nếu không chứng minh được sự đồng nhất này, doanh nghiệp sẽ không thể giải trình được chênh lệch âm/dương khi cơ quan hải quan kiểm tra báo cáo.

3. Thủ tục quyết toán và xử lý nguyên liệu chuyển tiếp đúng luật
Khi kết thúc một hợp đồng gia công, doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp báo cáo quyết toán trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Để xử lý số dư nguyên phụ liệu nhằm phục vụ việc bù trừ hợp lệ cho hợp đồng tiếp theo, đơn vị cần thực hiện quy trình sau:
-
Đối chiếu số liệu tồn kho thực tế tại nhà máy với số liệu tồn trên hệ thống VNACCS/VCIS.
-
Thực hiện thủ tục hải quan cho loại hình chuyển tiếp nguyên liệu (E21 hoặc E52 tùy trường hợp) từ hợp đồng cũ sang hợp đồng mới.
-
Ghi nhận chính xác lượng nguyên liệu chuyển đi/nhận về vào sổ chi tiết nguyên liệu của từng hợp đồng tương ứng.
Việc sai lệch số liệu thường đến từ lỗi định mức hoặc nhầm lẫn trong khâu xuất kho sản xuất giữa các dây chuyền. Doanh nghiệp nên chủ động rà soát định mức thực tế và thực hiện sửa đổi báo cáo quyết toán trước khi có quyết định kiểm tra tại trụ sở từ phía cơ quan quản lý để giảm thiểu mức phạt hành chính.

4. Rủi ro khi thực hiện bù trừ nguyên liệu sai quy định hiện hành
Nếu doanh nghiệp tự ý bù trừ nguyên phụ liệu giữa các hợp đồng gia công không cùng chủ sở hữu hoặc không thực hiện thủ tục chuyển tiếp, hậu quả pháp lý sẽ rất nghiêm trọng. Hành vi này có thể bị khép vào tội trốn thuế hoặc làm sai lệch hồ sơ hải quan để trục lợi từ chính sách ưu đãi thuế.
Các rủi ro điển hình doanh nghiệp thường gặp phải:
-
Bị truy thu thuế nhập khẩu và thuế VAT trên phần chênh lệch âm của nguyên liệu không giải trình được.
-
Xử phạt vi phạm hành chính về hành vi khai sai số lượng, chủng loại hàng hóa trong báo cáo quyết toán.
-
Doanh nghiệp bị đánh giá thấp mức độ tuân thủ, dẫn đến việc bị phân luồng Đỏ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa 100% cho các lô hàng tiếp theo.
Sử dụng dịch vụ của các đơn vị chuyên nghiệp như Lê Nguyễn Transport & Logistics sẽ giúp doanh nghiệp kiểm soát chặt chẽ luồng hàng hóa và số liệu báo cáo. Chúng tôi hỗ trợ rà soát hồ sơ, tư vấn định mức và đại diện doanh nghiệp giải trình trước cơ quan hải quan để đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ tuyệt đối.

Hợp đồng gia công cho phép bù trừ nguyên phụ liệu khi quyết toán nếu đảm bảo tính đồng nhất về chủng loại và cùng một chủ thuê gia công. Doanh nghiệp cần tuân thủ nghiêm ngặt các thủ tục chuyển tiếp và báo cáo quyết toán để bảo vệ quyền lợi và uy tín của mình trước pháp luật.
5. Dịch vụ khai báo hải quan toàn diện tại Lê Nguyễn Transport & Logistics
Tại Lê Nguyễn Transport & Logistics, chúng tôi cung cấp giải pháp khai báo hải quan trọn gói và dịch vụ phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài chuyên nghiệp, giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và nguồn lực nội bộ.
Dịch vụ khai báo hải quan chuyên sâu – xử lý trọn gói
Với hơn 10 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực logistics và thông quan, chúng tôi hỗ trợ khách hàng khai báo hải quan cho mọi loại hình hàng hóa:
- Khai báo hải quan cho hàng đường biển, đường hàng không, chuyển phát nhanh, hàng tại chỗ, gia công, sản xuất xuất khẩu, tạm nhập tái xuất.
- Xử lý hồ sơ hàng hóa đặc thù như hàng nguy hiểm, hàng gửi kho ngoại quan, hàng phải kiểm tra chuyên ngành.
- Tư vấn và xin cấp C/O (Certificate of Origin) cho đầy đủ các Form như A, B, AI, AK, CPTPP, REX, ISP… đúng yêu cầu thị trường xuất khẩu.
- Thực hiện toàn bộ thủ tục kiểm tra chuyên ngành: kiểm hóa, kiểm dịch thực vật – động vật, kiểm tra chất lượng, chứng nhận hợp quy, giám định kỹ thuật.
Tất cả quy trình được thực hiện đồng bộ bởi đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, đảm bảo không phát sinh chi phí ngoài thỏa thuận, minh bạch trong báo giá và tối ưu thời gian thông quan.
Phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài – giải pháp tối ưu cho doanh nghiệp
Đối với các doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa có bộ phận xuất nhập khẩu chuyên trách, hoặc doanh nghiệp lớn cần tối ưu hóa vận hành, Lê Nguyễn cung cấp dịch vụ phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài với quy trình chuyên nghiệp, linh hoạt:
- Đại diện doanh nghiệp làm việc với các cơ quan hải quan, bộ ngành, cảng vụ, hãng tàu, hãng bay.
- Chuẩn bị, kiểm tra, hoàn thiện bộ chứng từ xuất nhập khẩu, hợp đồng, invoice, packing list, vận đơn, C/O và các loại giấy phép liên quan.
- Theo dõi tiến độ vận chuyển, hỗ trợ giải quyết các vấn đề phát sinh trong quá trình thông quan hoặc vận hành logistics.
- Đảm nhận vai trò phòng xuất nhập khẩu từ xa, nhưng đảm bảo hiệu quả như một bộ phận nội bộ.
Giải pháp thuê ngoài phòng XNK giúp doanh nghiệp tập trung vào hoạt động sản xuất – kinh doanh cốt lõi, đồng thời vẫn đảm bảo hiệu quả vận hành chuỗi cung ứng và tuân thủ đúng quy định pháp lý.
Vì sao doanh nghiệp chọn Lê Nguyễn Transport & Logistics?
- Mỗi khách hàng có một chuyên viên phụ trách riêng, theo dõi và xử lý xuyên suốt từ đầu đến cuối.
- Dịch vụ trọn gói không chia nhỏ, không đùn đẩy trách nhiệm giữa các bộ phận.
- Mạng lưới đối tác quốc tế tại Trung Quốc, Singapore, Malaysia, Ấn Độ, Úc hỗ trợ mở rộng luồng hàng và tối ưu chi phí logistics.
- Cam kết minh bạch, không phát sinh chi phí ngoài báo giá.
Chúng tôi không chỉ thực hiện dịch vụ logistics.
Chúng tôi đồng hành như một bộ phận xuất nhập khẩu chuyên nghiệp bên trong doanh nghiệp bạn.
>> Xem thêm:
- 6 Bước Kiểm Toán Nội Bộ Trước Kỳ Quyết Toán Gia Công Hiệu Quả
- Hợp Đồng Gia Công May Mặc Quốc Tế Cần Lưu Ý 10 Điều Khoản Nào?
- Bán Phế Liệu Gia Công Trong Nước Có Phải Nộp Thuế Không? 5 Lưu Ý Quan Trọng
Liên hệ ngay để được tư vấn
📍 Địa chỉ: 131/6, Đường số 8, Linh Xuân, Thủ Đức, Tp HCM
🌐 Website: khaibaohaiquanvn.com/
📞 Hotline/Zalo: 0902 916 031
📧 Email: khaibaohaiquan@lenguyentst.com.vn
Dịch vụ Khai báo Hải Quan tại Lê Nguyễn Transport & Logistics
Lê Nguyễn Transport & Logistics cam kết mang đến dịch vụ khai báo hải quan chuyên nghiệp cho tất cả các loại hình vận tải, bao gồm đường hàng không, đường biển và đường bộ. Chúng tôi giúp doanh nghiệp tối ưu chi phí, rút ngắn thời gian thông quan và đảm bảo hàng hóa được xử lý nhanh chóng, an toàn.
Với đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, am hiểu sâu sắc về quy định hải quan và xuất nhập khẩu, chúng tôi không chỉ hỗ trợ khai báo chính xác mà còn tư vấn tận tình, giúp khách hàng hạn chế rủi ro, tránh phát sinh chi phí không mong muốn. Chúng tôi luôn đồng hành cùng doanh nghiệp trong từng bước của quy trình xuất nhập khẩu, đảm bảo hàng hóa được thông quan thuận lợi nhất và mang lại giá trị tối ưu cho khách hàng.

