Đăng ký sử dụng biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu như thế nào từ 01/01/2026?

Biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu là chứng từ xác nhận nghĩa vụ tài chính bắt buộc với ngân sách Nhà nước. Từ 01/01/2026, Thông tư 113/2025/TT-BTC chính thức áp dụng các quy định mới về loại chứng từ này. Việc thực hiện đúng Đăng ký sử dụng biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu là yếu tố then chốt để thông quan thuận lợi. Cùng Lê Nguyễn Transport & Logistics cập nhật ngay quy trình xử lý biên lai và các sai sót theo luật mới nhất.

1. Căn cứ pháp lý và hiệu lực của Thông tư 113/2025/TT-BTC

Kể từ ngày 01/01/2026, Thông tư 113/2025/TT-BTC chính thức thay thế hoàn toàn Thông tư 178/2011/TT-BTC. Đây là một bước ngoặt lớn trong việc số hóa chứng từ ngành hải quan. Thông tư này quy định chi tiết về các loại biên lai thu thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, phí hải quan, cũng như các loại lệ phí hàng hóa và phương tiện vận tải quá cảnh.

Hệ thống pháp lý bổ trợ cho thông tư này bao gồm Nghị định 123/2020/NĐ-CP và các sửa đổi quan trọng tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Sự phối hợp giữa các văn bản này tạo ra một hành lang pháp lý chặt chẽ, yêu cầu các tổ chức thu thuế và doanh nghiệp phải thay đổi phương thức quản lý biên lai truyền thống sang hướng hiện đại và chính xác hơn.

2. Các loại biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu phổ biến

Theo quy định mới, Biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu được thể hiện dưới hai hình thức chính:

Biên lai điện tử: Được khởi tạo, lập, gửi, nhận, lưu trữ và quản lý bằng phương tiện điện tử. Đây là hình thức được ưu tiên hàng đầu trong lộ trình chuyển đổi số của ngành Hải quan.
Biên lai giấy (tự in hoặc đặt in): Vẫn được duy trì trong một số trường hợp cụ thể nhưng phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về mẫu mã và mã số quản lý.

Dù ở hình thức nào, nội dung trên biên lai phải phản ánh đúng nghiệp vụ kinh tế phát sinh, bao gồm số tiền thuế, phí và lệ phí của từng lô hàng hàng hóa xuất nhập khẩu cụ thể.

Các loại biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu phổ biến

3. Đăng ký sử dụng biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu như thế nào từ 01/01/2026?

Đây là nội dung trọng tâm tại Điều 5 Thông tư 113/2025/TT-BTC. Việc Đăng ký sử dụng biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu được phân định rõ ràng tùy theo loại hình chứng từ doanh nghiệp lựa chọn:

3.1. Đối với biên lai điện tử

Tổ chức thu thuế thực hiện việc đăng ký thông qua Cổng thông tin điện tử của Cục Hải quan. Quy trình này thực hiện theo quy định tại Điều 34 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi khoản 21 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP). Hệ thống sẽ phê duyệt và quản lý mã số biên lai một cách tự động, giúp giảm thiểu sai sót do thao tác thủ công.

3.2. Đối với biên lai đặt in và tự in

Quy trình Đăng ký sử dụng biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu đối với dạng giấy phức tạp hơn một chút:

Thông báo phát hành: Tổ chức thu gửi thông báo đến Chi cục Hải quan khu vực nơi đóng trụ sở chính. Thông báo này phải gửi đến tất cả các Chi cục Hải quan trên toàn quốc trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày lập và tuyệt đối phải thực hiện trước khi bán hoặc cấp biên lai.
Nguyên tắc không trùng lặp: Khi phát hành, phải đảm bảo không trùng số biên lai trong cùng một ký hiệu đã đăng ký.
Cập nhật thông tin: Chi cục Hải quan có trách nhiệm cập nhật thông tin lên trang điện tử ngành Hải quan. Nếu thông tin đã được Cục Hải quan đăng tải công khai trên web, tổ chức thu không cần gửi thông báo bằng giấy đến từng Chi cục riêng lẻ.

4. Quy trình xử lý biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu khi có sai sót

Điều 7 Thông tư 113/2025/TT-BTC hướng dẫn rất kỹ về việc xử lý các tình huống phát sinh sai sót sau khi đã lập biên lai.

4.1. Xử lý sai sót đối với biên lai điện tử

Trường hợp đã lập biên lai nhưng có thay đổi về số thuế, phí phải nộp:

Lập biên lai điện tử bổ sung: Phản ánh đúng số chênh lệch thực tế. Nếu phát sinh giảm, ghi số âm (-); nếu phát sinh tăng, ghi số dương (+).
Thông báo sai sót: Sử dụng Mẫu số 04/SS-CTĐT gửi cơ quan chức năng.
Báo cáo tình hình sử dụng: Gửi báo cáo theo Mẫu số BC26/BLĐT cho cơ quan hải quan theo định kỳ quy định của Luật Quản lý thuế.

4.2. Xử lý đối với biên lai giấy tự in

Quy trình xử lý tùy thuộc vào trạng thái của lô hàng hàng hóa xuất nhập khẩu:

Biên lai chưa giao cho khách: Tổ chức thu thực hiện hủy theo quy định tại Điều 39 Nghị định 123/2020/NĐ-CP.
Đã giao biên lai nhưng chưa giao hàng: Hai bên lập biên bản thu hồi chứng từ sai và tiến hành hủy bỏ theo luật định.
Đã giao hàng và phát hiện sai/sót:
- Điều chỉnh tăng: Tạo thêm biên lai mới ghi rõ số thuế tăng thêm và tham chiếu đến số biên lai cũ.
- Điều chỉnh giảm: Doanh nghiệp chuyển phát quốc tế và khách hàng phải lập biên bản/thoả thuận văn bản nêu rõ lý do giảm thuế và thông tin chứng từ bị điều chỉnh.

4.3. Xử lý biên lai bị mất, cháy hoặc hỏng

Nếu tổ chức thu hoặc khách hàng làm mất, hỏng chứng từ, các bên cần:

Lập biên bản ghi nhận sự việc, ghi rõ liên biên lai đã nộp thuế tháng nào, có chữ ký đại diện pháp luật và đóng dấu.
Tổ chức thu sao chụp liên lưu, xác nhận đóng dấu trên bản sao để giao khách hàng. Bản sao này kèm biên bản sự việc được chấp nhận làm chứng từ kế toán và kê khai thuế hợp lệ.
Thời hạn hủy biên lai hỏng: Chậm nhất là 30 ngày kể từ ngày thông báo với cơ quan Hải quan.

Quy trình xử lý biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu khi có sai sót

5. Quy định về ủy nhiệm lập biên lai hiện nay?

Ủy nhiệm lập biên lai là một nghiệp vụ phổ biến đối với các đại lý hải quan hoặc các bên thứ ba. Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP), quy trình này cần tuân thủ các bước:

Hình thức văn bản: Việc ủy nhiệm phải được lập thành văn bản rõ ràng giữa bên ủy nhiệm và bên nhận ủy nhiệm.
Thông báo cho cơ quan thuế: Chậm nhất 03 ngày trước khi bên nhận ủy nhiệm lập biên lai đầu tiên, phải gửi thông báo theo Mẫu số 02/UN-BLG cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của cả hai bên.
Nội dung ủy nhiệm: Phải ghi đầy đủ thông tin về loại biên lai, ký hiệu, số lượng (từ số… đến số…), mục đích và thời hạn ủy nhiệm.
Trách nhiệm báo cáo: Bên ủy nhiệm có trách nhiệm tổng hợp và báo cáo tình hình sử dụng chứng từ (bao gồm cả phần của bên nhận ủy nhiệm) cho cơ quan thuế. Bên nhận ủy nhiệm không phải thực hiện báo cáo này nhưng phải niêm yết thông báo ủy nhiệm tại nơi thu tiền.

6. Những lưu ý quan trọng khi sử dụng biên lai theo Thông tư 113/2025/TT-BTC

Khi thực hiện các nghiệp vụ liên quan đến Biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu, doanh nghiệp cần lưu ý các mốc thời gian và quy định tiêu hủy:

Thời hạn tiêu hủy: Chậm nhất là 30 ngày kể từ ngày thông báo với Chi cục Hải quan. Nếu là biên lai đã hết giá trị sử dụng theo thông báo của cơ quan hải quan, thời hạn tiêu hủy rút ngắn còn 10 ngày.
Tính liên tục: Việc sử dụng biên lai phải đảm bảo thứ tự từ số nhỏ đến số lớn trong phạm vi ký hiệu đã đăng ký.
Sổ theo dõi phân bổ: Đối với các tổ chức có nhiều đơn vị trực thuộc, phải có sổ sách ghi chép việc phân bổ số lượng chứng từ cho từng cơ sở để tránh nhầm lẫn hoặc trùng lặp.

Những lưu ý quan trọng khi sử dụng biên lai theo Thông tư 113/2025/TT-BTC

Việc cập nhật quy định về Biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu theo Thông tư 113/2025/TT-BTC giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong kế hoạch tài chính và tuân thủ lộ trình số hóa. Để tối ưu hóa quy trình Đăng ký sử dụng biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu và hạn chế sai sót, Lê Nguyễn Transport & Logistics luôn sẵn sàng đồng hành, mang lại giải pháp hải quan chuyên nghiệp, giúp tiết kiệm tối đa thời gian và chi phí cho mọi lô hàng.

7. Dịch vụ khai báo hải quan toàn diện tại Lê Nguyễn Transport & Logistics

Tại Lê Nguyễn Transport & Logistics, chúng tôi cung cấp giải pháp khai báo hải quan trọn gói và dịch vụ phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài chuyên nghiệp, giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và nguồn lực nội bộ.

Dịch vụ khai báo hải quan chuyên sâu – xử lý trọn gói

Với hơn 10 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực logistics và thông quan, chúng tôi hỗ trợ khách hàng khai báo hải quan cho mọi loại hình hàng hóa:

Khai báo hải quan cho hàng đường biển, đường hàng không, chuyển phát nhanh, hàng tại chỗ, gia công, sản xuất xuất khẩu, tạm nhập tái xuất.
Xử lý hồ sơ hàng hóa đặc thù như hàng nguy hiểm, hàng gửi kho ngoại quan, hàng phải kiểm tra chuyên ngành.
Tư vấn và xin cấp C/O (Certificate of Origin) cho đầy đủ các Form như A, B, AI, AK, CPTPP, REX, ISP… đúng yêu cầu thị trường xuất khẩu.
Thực hiện toàn bộ thủ tục kiểm tra chuyên ngành: kiểm hóa, kiểm dịch thực vật – động vật, kiểm tra chất lượng, chứng nhận hợp quy, giám định kỹ thuật.

Tất cả quy trình được thực hiện đồng bộ bởi đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, đảm bảo không phát sinh chi phí ngoài thỏa thuận, minh bạch trong báo giá và tối ưu thời gian thông quan.

Phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài – giải pháp tối ưu cho doanh nghiệp

Đối với các doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa có bộ phận xuất nhập khẩu chuyên trách, hoặc doanh nghiệp lớn cần tối ưu hóa vận hành, Lê Nguyễn cung cấp dịch vụ phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài với quy trình chuyên nghiệp, linh hoạt:

Đại diện doanh nghiệp làm việc với các cơ quan hải quan, bộ ngành, cảng vụ, hãng tàu, hãng bay.
Chuẩn bị, kiểm tra, hoàn thiện bộ chứng từ xuất nhập khẩu, hợp đồng, invoice, packing list, vận đơn, C/O và các loại giấy phép liên quan.
Theo dõi tiến độ vận chuyển, hỗ trợ giải quyết các vấn đề phát sinh trong quá trình thông quan hoặc vận hành logistics.
Đảm nhận vai trò phòng xuất nhập khẩu từ xa, nhưng đảm bảo hiệu quả như một bộ phận nội bộ.

Giải pháp thuê ngoài phòng XNK giúp doanh nghiệp tập trung vào hoạt động sản xuất – kinh doanh cốt lõi, đồng thời vẫn đảm bảo hiệu quả vận hành chuỗi cung ứng và tuân thủ đúng quy định pháp lý.

Vì sao doanh nghiệp chọn Lê Nguyễn Transport & Logistics?

Mỗi khách hàng có một chuyên viên phụ trách riêng, theo dõi và xử lý xuyên suốt từ đầu đến cuối.
Dịch vụ trọn gói không chia nhỏ, không đùn đẩy trách nhiệm giữa các bộ phận.
Mạng lưới đối tác quốc tế tại Trung Quốc, Singapore, Malaysia, Ấn Độ, Úc hỗ trợ mở rộng luồng hàng và tối ưu chi phí logistics.
Cam kết minh bạch, không phát sinh chi phí ngoài báo giá.

Chúng tôi không chỉ thực hiện dịch vụ logistics.
Chúng tôi đồng hành như một bộ phận xuất nhập khẩu chuyên nghiệp bên trong doanh nghiệp bạn.

>> Xem thêm:

Liên hệ ngay để được tư vấn

📍 Địa chỉ: 131/6, Đường số 8, Linh Xuân, Thủ Đức, Tp HCM
🌐 Website: khaibaohaiquanvn.com/
📞 Hotline/Zalo: 0902 916 031
📧 Email: khaibaohaiquan@lenguyentst.com.vn

Dịch vụ Khai báo Hải Quan tại Lê Nguyễn Transport & Logistics

Lê Nguyễn Transport & Logistics cam kết mang đến dịch vụ khai báo hải quan chuyên nghiệp cho tất cả các loại hình vận tải, bao gồm đường hàng không, đường biển và đường bộ. Chúng tôi giúp doanh nghiệp tối ưu chi phí, rút ngắn thời gian thông quan và đảm bảo hàng hóa được xử lý nhanh chóng, an toàn.

Với đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, am hiểu sâu sắc về quy định hải quan và xuất nhập khẩu, chúng tôi không chỉ hỗ trợ khai báo chính xác mà còn tư vấn tận tình, giúp khách hàng hạn chế rủi ro, tránh phát sinh chi phí không mong muốn. Chúng tôi luôn đồng hành cùng doanh nghiệp trong từng bước của quy trình xuất nhập khẩu, đảm bảo hàng hóa được thông quan thuận lợi nhất và mang lại giá trị tối ưu cho khách hàng.

Thủ tục nhập khẩu, Thủ tục xuất khẩu, Tin tức