5 nguyên tắc lưu trữ hóa đơn và tờ khai giúp doanh nghiệp tránh rủi ro thuế

Lưu trữ hóa đơn và tờ khai đúng quy định không chỉ là yêu cầu kế toán, mà còn là “lá chắn” giúp doanh nghiệp tránh truy thu thuế và bảo vệ uy tín trong hoạt động xuất nhập khẩu.

Từ năm 2025, cơ quan thuế và hải quan siết chặt kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào và tờ khai hải quan, khiến việc quản lý hồ sơ chứng từ trở nên quan trọng hơn bao giờ hết.

1. Phân loại và lưu riêng từng loại chứng từ

Trước khi lưu trữ hóa đơn và tờ khai, doanh nghiệp cần phân loại rõ ràng từng nhóm chứng từ để tránh thất lạc hoặc nhầm lẫn khi kiểm tra, quyết toán thuế. Việc này đặc biệt quan trọng với các đơn vị có nhiều lô hàng nhập khẩu trong năm.

Các nhóm chứng từ nên được tách riêng như sau:

Hóa đơn đầu vào: bao gồm hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) trong nước và hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) từ nhà cung cấp nước ngoài.
Tờ khai hải quan: lưu bản chính điện tử có mã QR từ hệ thống VNACCS hoặc bản in kèm dấu xác nhận thông quan.
Chứng từ thanh toán quốc tế: như Swift, sao kê ngân hàng, thư tín dụng (L/C), hợp đồng mua bán, phiếu chuyển tiền.
Chứng từ vận tải: gồm vận đơn (Bill of Lading/Air Waybill), phiếu đóng gói (Packing List) và phiếu nhận hàng nếu có.

👉 Việc phân loại khoa học và thống nhất giúp kế toán, nhân sự XNK hoặc cơ quan thuế dễ dàng đối chiếu, kiểm tra và giải trình hồ sơ khi cần.

Phân loại và lưu riêng từng loại chứng từ

2. Lưu trữ song song bản giấy và bản điện tử

Trong thời kỳ số hóa, nhiều doanh nghiệp muốn lưu trữ hóa đơn và tờ khai đã dần chuyển sang lưu trữ chứng từ điện tử để tiết kiệm không gian và dễ quản lý. Tuy nhiên, đối với hóa đơn đầu vào và tờ khai hải quan, việc lưu song song bản giấy và bản điện tử vẫn là giải pháp an toàn nhất.

Cụ thể:

Bản điện tử:
- Lưu trên hệ thống quản lý nội bộ, drive bảo mật hoặc phần mềm kế toán có sao lưu tự động.
- Đặt tên file theo quy tắc thống nhất (ví dụ: 2025_HoaDon_NhapKhau_LEDChina.pdf).
- Phân quyền truy cập rõ ràng, tránh chỉnh sửa hoặc xóa nhầm dữ liệu.
Bản giấy:
- In và đóng thành tập theo từng lô hàng hoặc từng tháng.
- Mỗi bộ hồ sơ nên có bìa ghi rõ số tờ khai, ngày nhập khẩu, số hóa đơn và tên nhà cung cấp.
- Bảo quản nơi khô ráo, thoáng mát, tránh ẩm mốc để đảm bảo giá trị pháp lý.

💡 Mẹo nhỏ: Khi có yêu cầu kiểm tra đột xuất từ cơ quan thuế hoặc hải quan, việc lưu trữ hóa đơn và tờ khai có đủ cả bản giấy và bản điện tử giúp doanh nghiệp nhanh chóng xuất trình, chứng minh tính hợp pháp của chứng từ – tránh nguy cơ bị nghi gian lận hoặc truy thu thuế.

Lưu trữ song song bản giấy và bản điện tử

3. Bảo đảm tính toàn vẹn và không chỉnh sửa chứng từ

Một trong những nguyên nhân phổ biến khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế là do chứng từ kế toán hoặc tờ khai hải quan bị sai lệch, chỉnh sửa không hợp lệ.
Vì vậy, khi lưu trữ hóa đơn và tờ khai việc giữ nguyên tính toàn vẹn của hóa đơn và tờ khai là yêu cầu bắt buộc trong công tác lưu trữ hồ sơ thuế – hải quan.

Doanh nghiệp cần lưu ý 3 điểm sau:

Không tẩy xóa hoặc chỉnh sửa trên bản gốc: Mọi thay đổi liên quan đến số liệu, mã HS, trị giá hàng hóa… phải được xử lý thông qua biên bản điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế, không được sửa tay trên chứng từ gốc.
Đảm bảo tính xác thực của chứng từ điện tử: Hóa đơn điện tử, tờ khai VNACCS phải có mã xác thực, chữ ký số và dấu thời gian hợp lệ. Nếu file bị chỉnh sửa sau khi phát hành, hệ thống sẽ mất hiệu lực pháp lý.
Đối chiếu thường xuyên giữa kế toán và bộ phận XNK: Việc so khớp định kỳ giữa hóa đơn đầu vào, tờ khai hải quan và hợp đồng mua bán giúp phát hiện sớm sai lệch trước khi quyết toán thuế.

💬 Lưu ý: Nếu cơ quan thuế phát hiện hóa đơn hoặc tờ khai bị sửa đổi trái quy định, doanh nghiệp có thể bị phạt vi phạm hành chính hoặc truy thu thuế GTGT và thuế nhập khẩu cho toàn bộ lô hàng.

👉 Tuân thủ nguyên tắc “tính toàn vẹn – minh bạch – có thể kiểm chứng” sẽ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro thuế và giữ uy tín với cơ quan quản lý nhà nước.

4. Lưu trữ đủ thời gian theo quy định

Theo Điều 41 Luật Kế toán 2015, tất cả chứng từ kế toán của doanh nghiệp — bao gồm hóa đơn đầu vào, hợp đồng, phiếu chi, phiếu nhập kho — phải được lưu trữ tối thiểu 10 năm kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm.

Riêng đối với chứng từ liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu, doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý:

Tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại và chứng từ vận tải nên được lưu thêm ít nhất 5 năm sau khi kết thúc hợp đồng thương mại.
Các hồ sơ liên quan đến kiểm tra sau thông quan hoặc truy xuất nguồn gốc hàng hóa cũng cần giữ để phục vụ công tác đối chiếu khi cơ quan chức năng yêu cầu.
Khi hết thời hạn lưu trữ, doanh nghiệp cần lập biên bản hủy chứng từ theo đúng quy định, tránh tự ý tiêu hủy gây rủi ro pháp lý.

💡 Lưu ý: Cơ quan thuế có quyền kiểm tra lại hồ sơ trong vòng 10 năm kể từ thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế. Do đó, việc lưu trữ hóa đơn và tờ khai đầy đủ, đúng hạn chính là biện pháp quan trọng giúp doanh nghiệp tránh truy thu thuế và bảo vệ lợi ích hợp pháp của mình.

5. Dịch vụ khai báo hải quan toàn diện tại Lê Nguyễn Transport & Logistics

Tại Lê Nguyễn Transport & Logistics, chúng tôi cung cấp giải pháp khai báo hải quan trọn gói và dịch vụ phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài chuyên nghiệp, giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và nguồn lực nội bộ.

Dịch vụ khai báo hải quan chuyên sâu – xử lý trọn gói

Với hơn 10 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực logistics và thông quan, chúng tôi hỗ trợ khách hàng khai báo hải quan cho mọi loại hình hàng hóa:

Khai báo hải quan cho hàng đường biển, đường hàng không, chuyển phát nhanh, hàng tại chỗ, gia công, sản xuất xuất khẩu, tạm nhập tái xuất.
Xử lý hồ sơ hàng hóa đặc thù như hàng nguy hiểm, hàng gửi kho ngoại quan, hàng phải kiểm tra chuyên ngành.
Tư vấn và xin cấp C/O (Certificate of Origin) cho đầy đủ các Form như A, B, AI, AK, CPTPP, REX, ISP… đúng yêu cầu thị trường xuất khẩu.
Thực hiện toàn bộ thủ tục kiểm tra chuyên ngành: kiểm hóa, kiểm dịch thực vật – động vật, kiểm tra chất lượng, chứng nhận hợp quy, giám định kỹ thuật.

Tất cả quy trình được thực hiện đồng bộ bởi đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, đảm bảo không phát sinh chi phí ngoài thỏa thuận, minh bạch trong báo giá và tối ưu thời gian thông quan.

Phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài – giải pháp tối ưu cho doanh nghiệp

Đối với các doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa có bộ phận xuất nhập khẩu chuyên trách, hoặc doanh nghiệp lớn cần tối ưu hóa vận hành, Lê Nguyễn cung cấp dịch vụ phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài với quy trình chuyên nghiệp, linh hoạt:

Đại diện doanh nghiệp làm việc với các cơ quan hải quan, bộ ngành, cảng vụ, hãng tàu, hãng bay.
Chuẩn bị, kiểm tra, hoàn thiện bộ chứng từ xuất nhập khẩu, hợp đồng, invoice, packing list, vận đơn, C/O và các loại giấy phép liên quan.
Theo dõi tiến độ vận chuyển, hỗ trợ giải quyết các vấn đề phát sinh trong quá trình thông quan hoặc vận hành logistics.
Đảm nhận vai trò phòng xuất nhập khẩu từ xa, nhưng đảm bảo hiệu quả như một bộ phận nội bộ.

Giải pháp thuê ngoài phòng XNK giúp doanh nghiệp tập trung vào hoạt động sản xuất – kinh doanh cốt lõi, đồng thời vẫn đảm bảo hiệu quả vận hành chuỗi cung ứng và tuân thủ đúng quy định pháp lý.

Vì sao doanh nghiệp chọn Lê Nguyễn Transport & Logistics?

Mỗi khách hàng có một chuyên viên phụ trách riêng, theo dõi và xử lý xuyên suốt từ đầu đến cuối.
Dịch vụ trọn gói không chia nhỏ, không đùn đẩy trách nhiệm giữa các bộ phận.
Mạng lưới đối tác quốc tế tại Trung Quốc, Singapore, Malaysia, Ấn Độ, Úc hỗ trợ mở rộng luồng hàng và tối ưu chi phí logistics.
Cam kết minh bạch, không phát sinh chi phí ngoài báo giá.

Chúng tôi không chỉ thực hiện dịch vụ logistics.
Chúng tôi đồng hành như một bộ phận xuất nhập khẩu chuyên nghiệp bên trong doanh nghiệp bạn.

>> Xem thêm:

Liên hệ ngay để được tư vấn

📍 Địa chỉ: 131/6, Đường số 8, Linh Xuân, Thủ Đức, Tp HCM
🌐 Website: lenguyentst.com.vn
📞 Hotline/Zalo: 0961296889
📧 Email: marketing@lenguyentst.com.vn

Dịch vụ Khai báo Hải Quan tại Lê Nguyễn Transport & Logistics

Lê Nguyễn Transport & Logistics cam kết mang đến dịch vụ khai báo hải quan chuyên nghiệp cho tất cả các loại hình vận tải, bao gồm đường hàng không, đường biển và đường bộ. Chúng tôi giúp doanh nghiệp tối ưu chi phí, rút ngắn thời gian thông quan và đảm bảo hàng hóa được xử lý nhanh chóng, an toàn.

Với đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, am hiểu sâu sắc về quy định hải quan và xuất nhập khẩu, chúng tôi không chỉ hỗ trợ khai báo chính xác mà còn tư vấn tận tình, giúp khách hàng hạn chế rủi ro, tránh phát sinh chi phí không mong muốn. Chúng tôi luôn đồng hành cùng doanh nghiệp trong từng bước của quy trình xuất nhập khẩu, đảm bảo hàng hóa được thông quan thuận lợi nhất và mang lại giá trị tối ưu cho khách hàng.

Phuong Thuy, Thủ tục nhập khẩu, Thủ tục xuất khẩu, Tin tức