Các chỉ tiêu hải quan thường kiểm tra khi thanh tra báo cáo gia công: 7 lưu ý doanh nghiệp cần biết

Thanh tra báo cáo gia công luôn là nỗi lo của nhiều doanh nghiệp vì chỉ cần lệch một con số là đã có thể bị truy vấn, ấn định thuế hoặc xử phạt. Khi hiểu rõ các tiêu chí kiểm tra và chuẩn bị tốt từ trước, doanh nghiệp sẽ tự tin hơn rất nhiều khi hải quan kiểm tra và làm việc với đoàn thanh tra tại trụ sở.

Báo cáo gia công thực chất là bức tranh tổng hợp về nhập, xuất, tồn nguyên liệu và thành phẩm trong cả năm tài chính. Dữ liệu này phải khớp với tờ khai hải quan, sổ kho, sổ kế toán và hệ thống quản trị sản xuất. Vì vậy, trước khi nghĩ đến thanh tra, doanh nghiệp cần coi báo cáo gia công là công cụ quản trị nội bộ trước, rồi mới là nghĩa vụ với cơ quan nhà nước.

1. Khi nào hải quan kiểm tra và thanh tra báo cáo gia công

Trong thực tế, không phải năm nào hải quan kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp nhưng báo cáo gia công luôn nằm trong hệ thống quản lý rủi ro. Khi các chỉ số có dấu hiệu bất thường, cơ quan hải quan kiểm tra sâu hơn hoặc ban hành quyết định thanh tra tại trụ sở. Doanh nghiệp vì vậy cần chủ động chuẩn bị chứ không đợi đến khi có quyết định mới bắt đầu gom hồ sơ.

Một số tình huống dễ kích hoạt thanh tra báo cáo gia công là báo cáo nộp trễ, nhiều năm liền lỗ nhưng vẫn nhập nhiều nguyên liệu miễn thuế hoặc tồn kho tăng giảm thất thường. Lịch sử vi phạm, thay đổi địa điểm sản xuất, chuyển loại hình hoặc sáp nhập cũng là tiêu chí kiểm tra quan trọng. Nắm được logic này giúp doanh nghiệp hiểu vì sao mình được chọn và bình tĩnh hơn khi làm việc với đoàn thanh tra.

Ngoài ra, hải quan kiểm tra kỹ các doanh nghiệp mới mở, chưa có lịch sử tuân thủ hoặc những đơn vị có mặt hàng thuộc nhóm rủi ro cao. Với những doanh nghiệp ưu tiên, việc kiểm tra chủ yếu thực hiện trên hệ thống và theo cơ chế riêng nhưng nếu dấu hiệu rủi ro tăng lên thì thanh tra thực địa vẫn có thể diễn ra. Doanh nghiệp càng minh bạch, càng ít khả năng bị đưa vào diện kiểm tra dày đặc.

Trong mọi trường hợp, tiêu chí kiểm tra chính của cơ quan nhà nước vẫn xoay quanh việc nguyên liệu nhập miễn thuế có được dùng đúng mục đích gia công hay không. Khi thanh tra báo cáo gia công, cơ quan chức năng không chỉ nhìn vào số liệu mà còn đánh giá cả quy trình quản lý nội bộ. Cách doanh nghiệp lưu trữ chứng từ, phân quyền phần mềm và tổ chức sổ sách đều ảnh hưởng đến kết luận cuối cùng. Chi tiết tại đây

Khi nào hải quan kiểm tra và thanh tra báo cáo gia công

2. Nhóm chỉ tiêu về nhập, xuất, tồn trong báo cáo gia công

Ở bước đầu, hải quan kiểm tra rất kỹ phần nhập nguyên liệu trong báo cáo gia công. Số lượng, trị giá, mã số hàng và loại hình trên tờ khai phải khớp với dữ liệu trên sổ kho và sổ kế toán. Nếu doanh nghiệp dùng mã nội bộ khác với mã trên tờ khai, bảng quy đổi phải được lập rõ ràng để khi cần có thể xuất trình ngay cho đoàn thanh tra mà không lúng túng.

Tiếp theo là phần xuất nguyên liệu cho sản xuất và nhập kho thành phẩm. Đây là nơi dễ phát sinh chênh lệch nhất do doanh nghiệp không cập nhật kịp thời hoặc ghi nhận nhầm lô hàng. Khi hải quan kiểm tra, họ thường yêu cầu đối chiếu chéo giữa phiếu xuất kho, lệnh sản xuất, bảng định mức và báo cáo gia công. Nếu chỉ tiêu kiểm tra này không khớp, doanh nghiệp sẽ phải giải trình chi tiết từng lô hoặc chịu nguy cơ bị ấn định thuế.

Một chỉ tiêu kiểm tra khác là xuất khẩu thành phẩm. Tờ khai xuất khẩu, hóa đơn, vận đơn và phiếu đóng gói phải thống nhất với số lượng thành phẩm xuất kho trong kỳ. Trong nhiều cuộc thanh tra, chênh lệch không nằm ở tổng số mà nằm ở từng mã sản phẩm nhỏ. Vì vậy doanh nghiệp không nên chỉ so tổng mà cần kiểm tra theo từng mã hàng, tránh bị đánh giá là quản lý lỏng lẻo khi hải quan kiểm tra sâu vào từng chi tiết.

Cuối cùng là tồn kho tại thời điểm kết thúc năm tài chính và tại thời điểm thanh tra báo cáo gia công. Tồn kho sổ sách, tồn kho trên phần mềm và tồn kho thực tế trong kho phải đồng nhất. Nếu đã tiêu hủy, chuyển mục đích sử dụng hoặc bán phế liệu thì chứng từ phải đầy đủ. Đây là tiêu chí kiểm tra mang tính “chốt hạ”, thường được đoàn thanh tra dùng để đánh giá xem báo cáo của doanh nghiệp có đáng tin hay không.

3. Nhóm chỉ tiêu về định mức, phế liệu và mức độ tuân thủ

Ngoài số liệu nhập xuất tồn, nhóm chỉ tiêu kiểm tra quan trọng khác là định mức tiêu hao. Khi thanh tra, cơ quan chức năng sẽ so sánh định mức đăng ký với định mức thực tế trên báo cáo gia công. Nếu lượng nguyên liệu tiêu hao thực tế cao bất thường mà không có giải trình hợp lý, doanh nghiệp có thể bị coi là sử dụng nguyên liệu vượt định mức để bán nội địa, kéo theo rủi ro về thuế và xử phạt hành chính.

Phế liệu, phế phẩm và hàng hỏng cũng là trọng tâm khi hải quan kiểm tra. Báo cáo gia công phải thể hiện rõ phần nguyên liệu chuyển thành phế liệu, cách xử lý, có mở tờ khai chuyển mục đích sử dụng hay không và đã nộp thuế đầy đủ hay chưa. Thiếu hồ sơ tiêu hủy, không ghi nhận doanh thu bán phế liệu hoặc ghi nhận nhưng không trùng với số liệu trên báo cáo là những lỗi thường bị phát hiện trong các cuộc thanh tra.

Bên cạnh đó là nhóm tiêu chí kiểm tra về thủ tục và thời hạn. Báo cáo gia công phải được lập theo đúng mẫu quy định, nộp đúng hạn tính từ ngày kết thúc năm tài chính. Doanh nghiệp nộp trễ, không nộp hoặc nộp nhiều lần mà không có công văn giải trình rõ ràng rất dễ bị đưa vào diện rủi ro cao. Khi thanh tra báo cáo gia công trong trường hợp này, cơ quan hải quan thường kết hợp luôn với kiểm tra sau thông quan để đánh giá toàn diện.

Cuối cùng là mức độ nhất quán của hệ thống quản lý nội bộ. Đoàn thanh tra không chỉ xem bảng số liệu mà còn hỏi cách doanh nghiệp quản lý kho, cách phân công trách nhiệm giữa kế toán, bộ phận kho và xuất nhập khẩu. Nếu cùng một câu hỏi nhưng mỗi bộ phận trả lời một kiểu, hoặc dữ liệu trên phần mềm không trùng với sổ sách, doanh nghiệp sẽ bị đánh giá là thiếu kiểm soát. Vì vậy, tiêu chí kiểm tra quan trọng không kém chính là sự đồng bộ trong toàn bộ quy trình.

Nhóm chỉ tiêu về định mức, phế liệu và mức độ tuân thủ

4. Dịch vụ khai báo hải quan toàn diện tại Lê Nguyễn Transport & Logistics

Tại Lê Nguyễn Transport & Logistics, chúng tôi cung cấp giải pháp khai báo hải quan trọn gói và dịch vụ phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài chuyên nghiệp, giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và nguồn lực nội bộ.

Dịch vụ khai báo hải quan chuyên sâu – xử lý trọn gói

Với hơn 10 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực logistics và thông quan, chúng tôi hỗ trợ khách hàng khai báo hải quan cho mọi loại hình hàng hóa:

Khai báo hải quan cho hàng đường biển, đường hàng không, chuyển phát nhanh, hàng tại chỗ, gia công, sản xuất xuất khẩu, tạm nhập tái xuất.
Xử lý hồ sơ hàng hóa đặc thù như hàng nguy hiểm, hàng gửi kho ngoại quan, hàng phải kiểm tra chuyên ngành.
Tư vấn và xin cấp C/O (Certificate of Origin) cho đầy đủ các Form như A, B, AI, AK, CPTPP, REX, ISP… đúng yêu cầu thị trường xuất khẩu.
Thực hiện toàn bộ thủ tục kiểm tra chuyên ngành: kiểm hóa, kiểm dịch thực vật – động vật, kiểm tra chất lượng, chứng nhận hợp quy, giám định kỹ thuật.

Tất cả quy trình được thực hiện đồng bộ bởi đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, đảm bảo không phát sinh chi phí ngoài thỏa thuận, minh bạch trong báo giá và tối ưu thời gian thông quan.

Phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài – giải pháp tối ưu cho doanh nghiệp

Đối với các doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa có bộ phận xuất nhập khẩu chuyên trách, hoặc doanh nghiệp lớn cần tối ưu hóa vận hành, Lê Nguyễn cung cấp dịch vụ phòng xuất nhập khẩu thuê ngoài với quy trình chuyên nghiệp, linh hoạt:

Đại diện doanh nghiệp làm việc với các cơ quan hải quan, bộ ngành, cảng vụ, hãng tàu, hãng bay.
Chuẩn bị, kiểm tra, hoàn thiện bộ chứng từ xuất nhập khẩu, hợp đồng, invoice, packing list, vận đơn, C/O và các loại giấy phép liên quan.
Theo dõi tiến độ vận chuyển, hỗ trợ giải quyết các vấn đề phát sinh trong quá trình thông quan hoặc vận hành logistics.
Đảm nhận vai trò phòng xuất nhập khẩu từ xa, nhưng đảm bảo hiệu quả như một bộ phận nội bộ.

Giải pháp thuê ngoài phòng XNK giúp doanh nghiệp tập trung vào hoạt động sản xuất – kinh doanh cốt lõi, đồng thời vẫn đảm bảo hiệu quả vận hành chuỗi cung ứng và tuân thủ đúng quy định pháp lý.

Vì sao doanh nghiệp chọn Lê Nguyễn Transport & Logistics?

Mỗi khách hàng có một chuyên viên phụ trách riêng, theo dõi và xử lý xuyên suốt từ đầu đến cuối.
Dịch vụ trọn gói không chia nhỏ, không đùn đẩy trách nhiệm giữa các bộ phận.
Mạng lưới đối tác quốc tế tại Trung Quốc, Singapore, Malaysia, Ấn Độ, Úc hỗ trợ mở rộng luồng hàng và tối ưu chi phí logistics.
Cam kết minh bạch, không phát sinh chi phí ngoài báo giá.

Chúng tôi không chỉ thực hiện dịch vụ logistics.
Chúng tôi đồng hành như một bộ phận xuất nhập khẩu chuyên nghiệp bên trong doanh nghiệp bạn.

>> Xem thêm:

Liên hệ ngay để được tư vấn

📍 Địa chỉ: 131/6, Đường số 8, Linh Xuân, Thủ Đức, Tp HCM
🌐 Website: lenguyentst.com.vn
📞 Hotline/Zalo: 0961296889
📧 Email: marketing@lenguyentst.com.vn

Dịch vụ Khai báo Hải Quan tại Lê Nguyễn Transport & Logistics

Lê Nguyễn Transport & Logistics cam kết mang đến dịch vụ khai báo hải quan chuyên nghiệp cho tất cả các loại hình vận tải, bao gồm đường hàng không, đường biển và đường bộ. Chúng tôi giúp doanh nghiệp tối ưu chi phí, rút ngắn thời gian thông quan và đảm bảo hàng hóa được xử lý nhanh chóng, an toàn.

Với đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, am hiểu sâu sắc về quy định hải quan và xuất nhập khẩu, chúng tôi không chỉ hỗ trợ khai báo chính xác mà còn tư vấn tận tình, giúp khách hàng hạn chế rủi ro, tránh phát sinh chi phí không mong muốn. Chúng tôi luôn đồng hành cùng doanh nghiệp trong từng bước của quy trình xuất nhập khẩu, đảm bảo hàng hóa được thông quan thuận lợi nhất và mang lại giá trị tối ưu cho khách hàng.

Hai Anh, Thủ tục nhập khẩu, Thủ tục xuất khẩu